Organizacija mestne uprave je prilagojena poslanstvu, nalogam in poslovnim procesom, ki potekajo v njej. Zagotavlja strokovno, učinkovito, racionalno in usklajeno izvrševanje nalog, učinkovit notranji nadzor nad opravljanjem nalog, usmerjenost mestne uprave k uporabnikom njenih storitev in učinkovito sodelovanje z organi MOL ter zunanjimi deležniki. 

Najobsežnejša in najpomembnejša sprememba od leta 2007 je bila celostna reorganizacija mestne uprave, katere glavni cilji so bili povečanje učinkovitosti ter okrepitev specializacije, medpodročnega sodelovanja in timskega dela ter odprava podvajanja opravil. Iz 12 oddelkov, 6 služb in 1 prekrškovnega organa smo oblikovali 9 oddelkov, 8 služb in 2 prekrškovna organa, leto kasneje pa vzpostavili še Oddelek za šport. Funkcija služb je postala podpora aktivnostim, ki jih izvajajo oddelki.

S specializacijo smo povečali odzivnost, preglednost in nadzor nad izvajanimi ter izvedenimi aktivnostmi. Za še intenzivnejše sledenje trendom in aktivno uvajanje novih razvojnih projektov in aktivnosti za večjo kakovost življenja smo v začetku leta 2018 oblikovali nova delovna mesta mestnih menedžerjev. Sestavni del reorganizacije je bilo tudi prostorsko zaokroževanje delovnih prostorov, in sicer tako, da smo organizacijske enote združili na manjšem številu lokacij kot prej, zaradi česar se je približno polovica sodelavcev mestne uprave selila v druge prostore.

Namesto na 17 lokacijah mestna uprava danes posluje na 12 lokacijah. Z uveljavitvijo pogodbe o brezplačnem prenosu prostorov, ki smo ga v letu 2017 podpisali z Ministrstvom za javno upravo, bo mestna uprava v prihodnje prostorsko umeščena le še na 6 različnih lokacijah. Z zmanjšanjem fizičnih razdalj se bodo pogoji dela dodatno izboljšali, delovanje mestne uprave pa bo še učinkovitejše.