Slovansko prebivalstvo je v 9. stoletju prehajalo pod upravo Frankov. Pogosti so bili tudi vpadi Madžarov, ki so jih porazili Nemci in okrog leta 1000 ozemlja razdelili svojim plemiškim rodbinam. Med leti 1112 in 1125 je plemeniti Rudolf iz Tarcenta tako podaril oglejskemu kapitlju manjšo posest pri Ljubljanskem gradu. Dokument, ki priča o tem, velja za prvo omembo Ljubljane. Kasneje je Ljubljanska kotlina prešla v roke rodbine koroških vojvod Spanheimov.

Skokovit vzpon Ljubljane, ki se je takrat imenovala Laibach, pa se je začel v 13. stoletju. Mesto so takrat sestavljala tri jedra: Stari, Mestni in Novi trg. Vsako od njih je bilo ograjeno z obzidjem. V mesto je vodilo pet vrat, povezovala pa sta ga Spodnji (Špitalski) in Zgornji (Čevljarski, nekoč imenovan Mesarski) most. Mesto je leta 1220 pridobilo mestne pravice, med ostalim pa so na gradu kovali tudi lasten denar. Meščani, predvsem obrtniki, so bili razdeljeni v cehe.

Leta 1270 je mesto zavzel češki kralj Otokar Premisl, leta 1278 pa je Ljubljana v okviru Kranjske prišla pod habsburško oblast. Habsburžani so podelili kar 39 trgovskih in drugih privilegijev, kar je vanjo privabilo trgovce in obrtnike z vse Evrope. Leta 1461 so v Ljubljani ustanovili tudi škofijo in cerkev sv. Nikolaja je postala stolnica.